In Österreich wird die mikrobiologische Epidemiologie mit Typisierung und Resistenztestung durch das Nationale Referenzzentrum für Clostridium difficile an der österreichischen Agentur für Gesundheit und Ernährungssicherheit (AGES) durchgeführt.
Es fehlt aber eine Erfassung umfassender epidemiologischer Daten sowie der klinischen Daten der Patient:innen mit CDI.
In Österreich wurde die Universitätsklinik für Krankenhaushygiene und Infektionskontrolle der Medizinischen Universität Wien als Nationales Referenzzentrum für Gesundheitssystem-assoziierte Infektionen (HAI) und Krankenhaushygiene (NRZ HAI und KHH) mit der Durchführung der ersten Erfassung der CDI in österreichischen Akut-Krankenhäusern betraut.